晶的雄藩會議籌備就緒，設定了德川慶喜、島津久光等六人組成的“參與會議”，在天皇主持下討論國策。然而，因各雄藩各懷私心，政見不同，德川慶喜則夢想幕府重新獨攬大權，不到三個月，“參與會議”便因六參與的相繼辭職而煙消雲散。公武合體運動遭受重大挫折。

而尊王攘夷運動在一度沉寂之後，重新高漲起來。1865年初，另一雄藩長州的藩政權回到尊王攘夷派木戶孝允、高杉晉作等人手中，長州開始實行倒幕割據政策。幕府策劃第二次征討長州。本來薩摩曾在禁門之變、第一次征討長州的戰爭中多次與長州兵戎相見，這時卻因長州透過薩摩購買英國武器而逐漸與之接近。大久保利通早年即有“一國割據”思想，此時看到它以另一種形式在長州實現，便逐漸轉變為倒幕派。1866年2月，薩長兩藩在坂本龍馬、中岡慎太郎的斡旋下，結成了倒幕同盟，薩摩藩與德川慶喜的友好關係從此中斷。為確保倒幕成功，大久保利通與朝廷公卿巖倉具視合作，利用天皇權威，於1868年1月3日成功發動宮廷政變。朝廷釋出的“王政復古大號令”，廢除了朝廷的攝政、關白制度與幕府的徵夷大將軍。隨後朝廷的軍隊擊敗進至京都郊外的幕府軍隊，在此後的戊辰戰爭中消滅了幕府。大久保利通則擔任參謀後又任總裁局顧問處理內務，協助西鄉指揮作戰，從而建立並鞏固了明治新政權。

以天皇為首的朝廷在倒幕過程中的微妙作用，給大久保利通以很深的印象。他斷定，為了日後能夠領導國家，天皇必須首先“一新”朝廷之舊弊，為此就必須使天皇與象徵舊弊的京都割斷聯絡，創造適應新時代的天皇性格。明治政府成立後的遷都、改元等都反映了他這種思想。

明治政府在徹底消滅幕府勢力後，大久保利通先擔任新政府的參議，又於1871年6月任大藏卿。1871年4月，巖倉具視使團出訪歐美，大久保利通亦隨行。在巡訪中，普魯士的“鐵血宰相”俾斯麥給大久保利通以最深印象，他認為日本想富強只有象俾斯麥一般行事。

正當大久保利通在歐美訪問的時候，國內以西鄉隆盛為首的留守政府主張侵略朝鮮，以轉移士族對政府的不滿。大久保利通得到這個訊息立即回國，對於“徵韓”問題，大久保利通絕不是一個和平主義者。他只是感到日本尚不具備外徵的條件，當務之急是抓緊學習西方；大力推行“殖產興業”政策，加速日本資本主義工業化的步伐。於是大久保利通和巖倉具視結合起來，施展政治手腕，擊敗以西鄉隆盛為首的徵韓派，把他們趕出中央。這場政治鬥爭，史稱“明治六年十月政變”。從此以後，以三條實美為太政大臣、巖倉具視為右大臣、大久保利通為內務卿的****政治體制成立了。

1873年11月10日內務省正式成立，大久保利通以參議兼任內務省內務卿。他把勸業、警保、戶籍、驛遞（即郵政）、土木、地理六個部門和測量司的大權都集中到自己手裡。大久保利通所管轄的範圍涉及到“殖產興業”的各個方面。他在擔任內務卿期間，建立了明治政府的行政組織，即包括外務、內務、大藏、陸軍、海軍、文部、教部、工部、司法、宮內十個省的中央官僚機構。於是以大久保利通領導的內務省為中心，同大隈重信控制的大藏省、伊藤博文的工部省在日本形成了推行殖產興業政策的三位一體的領導體制。

大久保利通執掌大權時，走上了****統治的道路。他毫不留情地鎮壓所有的反抗活動。對版籍奉還、廢藩置縣一直心懷不滿的島津久光上書天皇，提出14條建議，反對各項資產階級改革，並要求撤掉大久保利通的職務。當然大久保利通等改革派不能接受，對保守派進行反擊，島津久光被迫引退。當島津等舊藩勢力在內部進行反政府活動的時候，對明治維新各項資產階級改革強烈不滿的反動士族公開發動了反政府的武裝叛亂。最先發動的是1874年2月由江藤新平和島義勇領導的“佐賀之亂”。結果被大久保利通嚴厲的鎮壓了下去。

大久保利通有著和俾斯麥差不多的冷血性格和鐵腕手段，因政見不同他可以將早年的政治夥伴有馬新七置於死地。而當島津久光這個大恩人不能跟上時代時，也被他一腳踢開。明治天皇雖然讚賞他的才能，卻並不喜歡他，因而也談不上對他的絕對信任了。

二百九十一章山縣武夫

大久保利通禮畢，明治天皇也並沒有從帷幕當中走出來，而是用溫和而略帶沙啞的聲音問道：“大久保卿，有什麼事嗎？”

“陛下前時曾多次垂詢徵臺討番一事是否可行，今日臣前來覲見，便