劉裕上表皇帝，封朱齡石為監梁、秦州六郡諸軍事，賜爵豐城縣侯，也就是把川蜀之地全交給他管理。這時劉裕騰出手來，又開始收拾荊州刺史司馬休之。

司馬休之作為皇室宗親，他和劉裕本就不是一路人。這時在東晉手握實權的主要有兩類人：

一類是和劉裕一起靠反桓玄起家的，如：劉敬宣、劉穆之、毛修之、馮遷、孟懷玉（孟昶的堂弟）、劉懷敬（劉裕的表兄，當年劉懷敬的母親斷了他的奶，轉而哺育劉裕，使劉裕得以活下來）、劉懷肅（劉懷敬的親弟弟，劉裕的表弟）、辛扈興、童厚之、劉道規和劉道憐兄弟（此二人為劉裕的親弟弟）、王元德和王仲德兄弟、朱齡石和朱超石兄弟、沈淵子和沈田子及沈林子三兄弟、魏詠之和魏欣之及魏順之三兄弟、檀憑之和檀範之兄弟，以及檀氏兄弟的三個侄子檀韶、檀祗和檀道濟等一大幫子人。

還有一類是劉裕一手提拔起來的，如胡籓（當初曾是桓玄的人）、臧熹、謝晦、劉鍾、韓範（南燕尚書令，向後秦求救不成投奔劉裕）、孫處、王鎮惡、趙倫之和丁旿等人。

這些人對劉裕都是唯命是從，跟著劉裕混社會，把劉裕當做他們的老大，皇帝對他們來說只是個擺設而已。而司馬家族中在東晉中掌實權握兵權的只有司馬休之一個人。司馬休之在荊州的政治相當清明，在發展經濟生產、保證社會安定方面也卓有成效，所以很得人心。而且司馬休之沒有野心。他的哥哥譙王司馬尚之因為沒有兒子，就從司馬休之這裡過繼了一個兒子叫做司馬文思。司馬文思性格暴躁，有很多次因為一時小怨就動手打死人。他在養父司馬尚之死後繼承了譙王的職位，便打算和親生父親一起去進攻劉裕，為司馬家族奪回朝廷大權。

司馬休之認為自己沒有這個實力，所以沒同意。司馬文思就聯合兩個弟弟在京城準備起事，結果被劉裕捉住。劉裕把司馬文思送給司馬休之讓他處理，又把司馬休之的另兩個兒子司馬文寶和司馬文祖羈押在京中。司馬休之上表請廢掉司馬文思，並寫了一封長長的道歉信，請劉裕原諒。劉裕一直想找理由除掉司馬休之，所以他把司馬休之的兩個親生兒子當成了激怒司馬休之的工具。等滅了盧循和徐道覆，又把西蜀平定之後，劉裕便利用閒暇時間把司馬休之的兩個親生兒子給處死了。

司馬休之聽說兒子被劉裕處死了，這個好脾氣人氣得都快瘋了。加上劉裕故意放回去的那個暴躁性子的司馬文思的攛掇，司馬休之立刻上表稱劉裕是奸臣，把持國政，專權擅斷，整起兵馬討伐劉裕。

劉裕要的就是這個結果，他當即帶軍去滅司馬休之。但不防雍州刺史魯宗之也帶著兒子魯軋起兵幫助司馬休之。這支軍隊從襄陽繞到劉裕的後路，襲擊了劉裕部隊儲備物資的地方。劉裕手下大將劉虔之被殺，糧草輜重被燒。劉裕的部將徐逵之所率領的另一支軍隊恰好路過，急忙前來救援。但魯宗之很快撤走，徐逵之趕來的時候糧草輜重都被燒成灰燼。徐逵之率軍追擊魯軍，又被魯宗之設伏擊敗，徐逵之、王允之、沈淵子等大將連同數千士兵被殺。只有蒯恩率後軍逃出。魯宗之遂和司馬休之合兵一處，由魯軋和司馬文思負責長江北岸防務。

劉裕吃了一個敗仗很不甘心，遂率大軍強行渡江，但魯軋和司馬文思在北岸修築了工事，加上江岸天然陡峭高聳，易守難攻。劉裕的每次進攻都被對方擊退，死傷無數，就是不能踏上北岸一步。劉裕打紅了眼，把盔甲穿上，拿起刀來就要往外衝，主簿謝晦抱住劉裕的大腿死也不放，劉裕說：“你再不放手我殺了你。”謝晦也道：“天下可以沒有謝晦，但不能沒有你。”劉裕當然不能殺謝晦。這時胡藩帶一支生力軍前來，向劉裕報到。一進帳見謝晦和劉裕兩個人扭作一團，驚道：“這是怎麼回事？”謝晦急忙把剛才的事一說。胡藩道：“這個強攻的事交給我吧。”

劉裕很信任胡藩，於是便派胡藩去強攻。胡藩帶著人不要命地向北岸衝，以極大的傷亡代價終於把司馬文思的防線衝開一道口子。劉裕的後軍緊跟著衝上，魯軋、司馬文思抵擋不住，只得退守江陵。

劉裕追到城下，集中兵力再攻江陵。司馬休之和魯宗之守了十幾天後，便守不住了，棄城向北逃到襄陽。但襄陽守將李應之已經投降了劉裕，閉起城門來不讓他們進城。他們只好帶著敗兵向後秦撤退。這時王鎮惡率一支部隊急速趕來，眼看就要被追上，後秦派司馬國��示�佑ΑＭ跽蚨袼焱吮�蛔貳�

劉裕趕走司馬休之後，上表皇帝封親弟弟劉道憐為驃騎大將軍、荊州刺史，以親信趙倫之為雍州刺史。而劉裕則獲得“劍