廷，由理藩院行文俄國，索交叛酋。後來俄國飭人搜捕，阿睦撤納已患痘身亡，只把屍首送交清吏。於是命成袞扎布歸鎮烏里雅蘇臺，留兆惠搜剿餘孽。自乾隆二十二年至二十五年，清兵先後追剿，自山谷僻壤及川河流域，沒一處不尋到，沒一處不搜滅，統計額魯特二十餘萬戶，出痘死的約四成，竄走俄羅斯哈薩克等處約二成，被清兵剿滅的約三成，還有一成編入蒙古籍，不過二萬戶，而且婦女充賞，丁壯為奴，額魯特遺民，自此寥落了。阿睦撤納料是絕大的掃帚星轉世。

準部既平，清廷乃畫疆分土，設官築城，駐防用滿兵，屯糧用旗兵，特簡任伊犁將軍，作了一個統轄的元帥。天山北路，方入清室版圖，免不得鐫碑勒石，旌德表功，費了幾個儒臣筆墨，成了幾篇煌煌大文，這也不消細說。

但乾隆帝得隴望蜀，平了準部，又想南服回疆。這回疆就在天山南路，與準部只隔一山，起初系元太祖次子察哈臺領土，傳了數世，回教祖摩訶末子孫，由西而東，爭至天山南路，生齒漸蕃，喧客奪主，察哈臺的後裔，反弄到沒有主權。因此天山南路，變作回疆。康熙時，噶爾丹強盛，舉兵南侵，把元裔諸汗，遷到伊犁，並將回教頭目阿布都實特，亦拘去幽禁。噶爾丹敗死，阿布都實特脫身歸清，聖祖賞他衣冠銀幣，遣官送到哈密，令還故地。

阿布都實特死，其子瑪罕木特，想自立一部，不受準噶爾約束。策妄又遣兵入境，將瑪罕木特及他兩個兒子，統拿至伊犁，幽禁起來。及清將軍班第等到伊犁後，瑪罕木特已死，長子布那敦，次子霍集佔，尚被拘縶。班第奏聞清廷，得旨釋布那敦歸葉爾羌，令他統轄舊部，留霍集佔居住伊犁，職掌教務。不到數月，阿睦撤納謀反，準部復亂，霍集佔反率眾助逆，等到清副將軍兆惠，攻入伊犁，阿睦撤納西走，霍集佔亦遁入回疆。兆惠剿平準部，奏遣副都統阿敏圖，南往招撫。

這個那布敦膽子頗小，願遵清朝指揮，偏偏胞弟霍集佔，自北路遁歸，諫那布敦道：“我遠祖摩訶末，聲靈赫濯，天下聞名，傳到我輩子孫，反受人家壓制，真是惶愧萬分。現在準部已亡，強鄰消滅，不謀獨立，更待何時？”語頗不錯，可惜不度德，不量力。那布敦道：“清兵來攻，如何抵當？”霍集佔道：“清軍新得準部，大勢未定，料他無暇進兵，就使率軍南來，我也可據險拒守，等他兵疲糧絕，逃去都來不及，怕他什麼？”那布敦尚在遲疑，霍集佔又道：“哥哥若要降清，恐怕從今以後，世世要做奴僕過去，他要我的金錢，我只得將金銀奉去，他要我的妻子，我只得將妻子送去，他要我的頭顱，我也只得把頭顱獻去。我們兄弟兩人，還有安靜的日子麼？”我亦要問霍集佔道，你不降清，金銀管得住麼？

妻子守得牢麼？頭顱保得定麼？這叫做自去尋死。那布敦被他說得動心，遂依了阿弟的計畫，錯了，完了。便召集回眾，自立為巴圖爾汗，傳檄各城，戒嚴以待。

回戶數十萬眾，向來迷信宗教，因那布敦兄弟，的是摩訶末後裔，稱他為大小和卓木，和卓木三字，乃是回語，譯作漢文，便是聖裔的意義，至此得了聖裔的檄文，自然望風響應。只庫車城主鄂對，恐怕強弱不敵，率了黨羽，擬奔伊犁，途次與阿敏圖相遇，仍令迴轉庫車，同去招撫。不料霍集佔聞鄂對出走，已遣部下阿布都馳到庫車，把鄂對親族一一殺死，登陴固守。鄂對聞報，大哭一場，嗣與阿敏圖商議，請亟歸伊犁，添兵復仇。阿敏圖道：“我是奉命招撫，今不見叛眾，便想回去，叫我如何對將軍？”鄂對再三諫阻，阿敏圖只是不從，也是一個不識時務。且令鄂對先回伊犁。他只帶了百餘騎，馳到庫車，阿布都誘他入城，一陣亂剁，憑你阿敏圖如何忠誠，也入閻羅寶殿去了。清廷因兆惠剿撫準部，尚未竣事，別命都統雅爾哈善為靖逆將軍，率兵徵回。雅爾哈善自吐魯番進攻庫車，大小和卓木引軍數千，越大戈壁來援，與清兵戰了兩次，都被打得落花流水，大小和卓木，退入城中；清兵乘勢圍攻，城堅難拔，提督馬得勝，募敢死兵六百名，暗掘地道，晝夜不息，將及城中，守兵聞地下隱有響聲，料是穿穴，便循途按索，到了城腳邊，掘下一洞，適通地道守兵，把草塞住，用火燃著，煙焰衝入穴中，可憐六百個清兵，不能進，不能退，都被燒得烏焦巴弓。好象竹管裡煨泥鰍。雅爾哈善經此大創，不敢力攻，大小和卓木乘機遁還，阿布都也率眾逃去。

清兵只得了一個空城，乾隆帝聞知大怒，飭將雅爾哈善馬得勝等，盡行正法，仍命兆惠移師南征。兆惠檄調各路兵，尚未到齊，因朝旨催促，即率步騎四千餘先進，過了天山，收