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特別是經過1956年9月全院學過五個整風檔案，學院中的許多同志已經感到有反對教條主義必要之後，而院黨委仍然徘徊、猶豫、拖延，未能下定決心，就使黨委領導在教學工作上落後於客觀實際了。”

這個報告，對軍事學院建院以來取得成績與存在缺點的評價，顯然是不符合歷史事實的。報告在肯定學院成績時，並沒有明確指出成績是主要的，只是說“取得了許多工作成績”。在批評學院缺點時，武斷地說“教學工作中教條主義相當嚴重”。對於學院成立以來一直堅持黨委制、政治工作制，編寫了我軍的戰史教材和戰例彙編，三次派見學團去朝鮮學習志願軍的作戰經驗，以及在軍政課程中都貫穿了毛澤東著作的學習等等均未提及，而是批評軍事學院的教材和想定作業中“多半是採用了‘一長制’的精神”，沒有注意我國的地形條件和我軍現有裝備技術條件，忽視了我軍的傳統的戰術。

一旦發生戰爭，我軍“可能不會以劣勢的裝備去戰勝優勢裝備的敵人”，“在戰爭初期遭受不必要的損失”。最後，不提軍事學院在學習五個檔案、反對教條主義中工作有何改進，有何成績，而是批評院黨委”對反教條主義，仍然徘徊、猶豫、拖延，未能下定決心”。這樣，就把軍事學院實際工作——有的已經改正過來，有的正在改正之中的缺點，上綱上線為院黨委和學院主要領導人指導思想上的教條主義路線錯誤。

國防部的這個報告，打亂了軍事學院正常教學秩序。院黨委和各部、系都不得不成立中心組，全體學員停課一週，學習貫徹報告精神，大張旗鼓地開展反對教條主義。同時，國防部的這個報告，也為1958年中共中央軍委擴大會議發動全軍範圍的反教條主義運動定下了基調，作了理論上、思想上的準備。

劉伯承對這個報告採取了積極、慎重的態度。他雖因腦部舊傷復發一直在上海治療，但仍指示陳伯鈞、鍾期光召開院黨委擴大會議，學習貫徹報告精神，並作出了關於深入開展反教條主義的決定。這個決定，明確提出“學院成立以來的工作成績是基本的、主要的”，認為缺點和錯誤的性質是“在學習馬克思列寧主義和外國經驗中的教條主義傾向”。對於國防部報告中關於教學工作中教條主義相當嚴重的批評，委婉地陳述了自己的看法，指出，軍事學院的訓練方針、訓練內容和對解放軍經驗的估計，對蘇聯先進經驗的學習，基本方向和原則都是正確的，應該充分肯定。工作中出現的一些缺點錯誤，是屬於貫徹執行中具體措施方面的問題。

在當時反對教條主義已經形成氣候，軍事學院承受著首當其衝的巨大壓力的情況下，劉伯承和黨委一班人，只能用這種曲折婉轉的方式，來表達自己的原則立常7月3日，劉伯承曾傾注過無數心血的戰役系52名學員畢業了。他們經過3年的正規訓練，在文化知識、政治理論水平及軍事指揮藝術等方面都有很大提高，成為全軍正規化、現代化建設的棟樑之材。

戰役系學員畢業後，軍事學院開始了分校建院的工作。7月底，中共中央軍委任命劉伯承為高等軍事學院院長兼政委。然而，劉伯承的健康狀況使他實在難以擔任此職。他於8月6日寫信給毛澤東和彭德懷，呈請免任高等軍事學院的領導職務。信中寫道：“原來就是殘衰多病的身體，勉任6年學術工作，極感吃力。自1953年患虛脫症以來，腦力、服力、神經和創傷諸舊病反覆糾纏，已經難於看書提筆，休假也多；因而不能時常參加教材編審工作，不能更多參加思想提高工作，而深入基層的民主生活、紀律生活和實習工作也逐漸減少以至於無。

這是整頓三風所不允許之事，也是忝列此職成為疚心之事。據此，請求免任我以高等軍事教育這麼更重要的新職，並請在移交南京軍事學院職務之後，乘間療養一個時期。一俟病癒，再赴北京專任軍委委員參加實習機關工作。”

劉伯承的這個請求，後經中共中央軍委批准。

9月13日，軍事學院召開大會，歡送劉伯承離任，歡迎新任院長廖漢生到職。

幾千名教員、學員和機關工作人員，懷著難以形容的心情，傾聽鍾期光致詞。劉伯承由於在上海治療，未能出席大會。但是，鍾期光仍然滿懷深情，講起了劉伯承建立軍