阿布基爾的慘敗很快就波及地中海：同一個月，駐科孚島守軍遭到英國皇家海軍的襲擊（該島1799年3月3日向英國投降），沃比翁將軍親自下令馬耳他向英國投降，且待1800年9月4日再在馬耳他向英國人報仇雪恥不遲。如此一來，法國先後失去了兩個具有重要戰略意義的島嶼。此時，拿破崙對此還一無所知，他也不知道從阿布基爾海戰死裡逃生的維爾納夫和德克里斯在企圖逃離馬耳他時也被英國人俘獲。隨著阿布基爾海戰的失敗，法國人在地中海地區無論是外交還是軍事上都滿盤皆輸。因此，拿破崙企圖與敘利亞的土耳其人或是君士坦丁堡和談的努力純屬徒勞。

曾經向拿破崙表示要全力支援埃及遠征的塔列朗給督政府的特雷亞爾（Treilhard）寫信，後者將該信於1798年11月4日轉寄給了拿破崙並批寫道：“你可以想像督政府是多麼後悔，以及他們是多麼難以理解你遠征的詳情。”他繼續寫道，“由於海戰的失敗，法國在地中海處於腹背受敵的窘境。一切國際問題皆應歸咎於這個可怕的事件。”這次“艦隊的災難”削弱了法國各種外交政策的基礎。馬耳他遭到封鎖、義大利出現麻煩、英國和奧地利聯合俄國和普魯士正在形成新的反法同盟。此外，督政府不得不緊急徵募20萬新兵，由儒貝爾將軍前去擔任義大利軍司令，儒爾當將軍整編萊茵軍。特雷亞爾強調，如果戰爭爆發，肯定是爆發在義大利無疑。儘管如此，“外部之敵終將被征服……透過政府所有成員團結一致，堅強無比的、不朽的共和國將戰勝一切敵人……因此，你必須準備完全依靠你自己的力量，至少在一段時間內是如此。”最後特雷亞爾督政指出拿破崙有3種選擇：他可以留在埃及等待時機；他可以進軍印度；或者，他可以進軍君士坦丁堡。最後，他對幾個月前曾在他面前出言不遜的拿破崙挖苦道：“無論你做何決策，我們期待靠你的天才和運氣；你最後能力挽千鈞，取得輝煌勝利。”特雷亞爾（以及明顯參與起草此信的塔列朗）終於（也許不是最後）看到了拿破崙的笑話。收信人拿破崙直到1799年3月25日在阿克再次遭到軍事挫折時才收到這封信。

從軍事觀點看，拿破崙攻佔開羅有幾個目的，這些目的他希望同時達到：他要鞏固亞歷山大沿海一線的安全；佔領和鞏固尼羅河支流上的兩座城市羅塞塔和達米亞塔在開羅沿線的安全；平定從開羅到阿斯旺和瓦迪哈勒法的尼羅河上游地區。此外他還要追殲穆拉德貝伊軍和易卜拉欣貝伊軍。

第十章　蒂沃利花園和其他（5）

儘管拿破崙的戰線很長，而且軍隊減員嚴重，他仍然決定進軍敘利亞。這要求不僅鞏固尼羅河三角洲地帶，而且要鞏固開羅東部連線開羅和敘利亞的貿易通道的大片沙漠。令拿破崙吃驚的是，他發現在達米亞塔東部沙漠上的人充滿野性和敵意，需要大力加強兵力和駐守設施才行。只有鞏固了這片大後方，他才能發動入侵敘利亞的戰爭並長驅直入攻佔阿克、大馬士革和博斯普魯斯。

8月25日，德塞將軍帶著4個營，約3；000多人從吉薩溯尼羅河而上，找尋穆拉德貝伊軍的殘餘人馬並平定尼羅河上游地區。10月7日，德塞首先在薩迪曼遇到了穆拉德貝伊軍的9；000馬穆魯克，將其擊潰並驅逐到大漠之中。但馬穆魯克僅損失了420人，而德塞則損失了110人。10月底，德塞的部隊由於眼炎②和瘧疾，人員大量減少。身材高大而不屈不撓的德塞仍然繼續在荒漠追擊馬穆魯克，直到4月份，共殲敵2；000多人。神出鬼沒的馬穆魯克從此銷聲匿跡。

同時，埃及北部的戰役仍在繼續。11月28日，梅努將軍接替了亞歷山大的芒斯庫特，將亞歷山大地區和羅塞塔地區全部納入他的責任範圍。10月中旬，迪蓋將軍率4，000多人馬到達米亞塔，執行拿破崙“追擊阿拉伯人，嚴厲懲罰他們”的命令。安德列奧西被派往曼扎拉湖執行打通進軍敘利亞通道的特殊使命，而迪馬將軍、繆拉和聲名狼藉的拉尼斯則征服了埃及的東北部。

早在9月份，拿破崙就在認真考慮入侵敘利亞的問題了，當時他要求雷尼爾將軍探明進攻的路徑並命令毫不留情的騎兵軍官繆拉對那個地區的阿拉伯人進行“一切可能的打擊”。“我的意圖是，”他說，“毀滅他們。”拿破崙命令迪蓋將他的整個師團向前推進，透過“殺頭、抓人……焚燒村莊，給他們一個下馬威”的手段，樹立法軍的威名。

12月3日，拿破崙命令邦將軍向蘇伊士進軍，攻佔海港，控制紅海的海上商業通道，同時與紅海對岸楊布和吉大的阿拉伯人建立友好的聯