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當克什米爾問題暫時平息的時候，也就是貝·布托離開的時候。1990年8月，貝·布托因其丈夫阿西夫涉嫌貪汙而被撤掉總理職務。其實，阿西夫貪汙不過是貝·布托下臺的原因之一，主要矛盾還是發生在貝·布托與總統以及軍隊之間。在貝·布托上臺後，她所制定的政策就違背了總統以及軍隊的初始意願。而且，貝·布托當年競選時所做的承諾也沒有一一兌現，巴基斯坦的秩序依舊混亂不堪，這讓人民對新政府頗有微詞。

撤職並不能打消貝·布托重回政壇的決心，她在民間繼續和人民黨一起為了10月的大選奔波。不過，在10月的大選中獲勝的是貝·布托的老對手納瓦茲·謝里夫，貝·布托再次遭遇失敗。。

謝里夫政府在11月成立，而貝·布托也在11月接受了特別法庭的審訊，罪名是她涉嫌濫用職權、收受賄賂等。面對謝里夫新政府的指控，貝·布托一路上訴，她有豐富的政治經驗，懂得什麼時候該做什麼樣的決定。

謝里夫處心積慮登上了執政舞臺，上臺後才發現自己面臨著同樣的問題：總統權力過於全面。這是哈克軍法統治所殘留的痼疾，他當總統的時候特地透過《第八憲法修正案》加大了總統特權，把總統一職推上了權力*的巔峰。謝里夫所當選的是總理，他的各項職能和權力都在總統權力的限制之下。當初伊沙克·汗總統就是依靠《第八憲法修正案》授予總統的解散議會和政府的特別權力，廢除了貝·布托的總理職務。為了防止類似的事情發生在自己身上，謝里夫宣佈廢止總統解散議會和政府的特別權力。

謝里夫的決定惹惱了伊沙克·汗，政府與總統的矛盾持續升級。還有一件事讓身為*聯盟領導人之一的伊沙克·汗十分不滿，那就是巴基斯坦*聯盟主席病逝，謝里夫沒有經過任何人的同意就擅作主張將自己提名為主席候選人，其急於攬權的姿態讓伊沙克·汗心生警惕。

正當謝里夫和伊沙克·汗內鬥的時候，貝·布托殺回了巴基斯坦。伊沙克·汗一改往日對貝·布托的橫眉冷對，換了張笑臉迎接貝·布托的回國。顯然，伊沙克·汗是在拉攏貝·布托以及人民黨，希望能在與謝里夫的鬥爭中獲勝。這次貝·布托抓住機會，要求伊沙克·汗能夠答應解散國民議會和省議會，並在3個月內舉行大選。此時的伊沙克·汗只希望能儘快趕走謝里夫，他答應了貝·布托的要求，就這樣，過了3年總理生活的謝里夫匆匆下臺。

謝里夫上訴至最高法院指控總統行為違反了憲法，要求法院作出裁斷。折騰了幾個月，謝里夫勝訴重新回到了總理位子上。然而，沒坐多久他便在10月的大選中敗下陣來。

1993年10月6日，巴基斯坦大選，人民黨再次以壓倒性優勢獲勝。兩個星期後，貝·布托風塵僕僕走馬上任，第二次出任巴基斯坦總理。

貝·布托和人民黨經過幾個月的休整和治理，總算是讓巴基斯坦朝著安定的方向前進。這次，貝·布托的地位相對而言較為牢固，因為新上任的總統法魯克·萊加里是人民黨的骨幹，他對自己的政黨忠心耿耿。有了上次的經驗教訓，貝·布托跟軍隊儘量保持友好親密的往來，清除潛伏在身邊的危險因素。

儘管如此小心謹慎，可就在這時，貝·布托的家庭內部卻發生政治分裂。

貝·布托的大弟弟米爾·穆爾塔扎·布托當年因遭到哈克軍法管制的*而到處流亡，1993年，米爾結束了16年的流亡生涯回到祖國。然而，他回國後並沒有支援貝·布托的統治，轉身加入了反對姐姐的行列。米爾一直以來都覺得自己才是最有資格繼承父親事業的人，他是長子而且也有政治抱負，可父親看好的偏偏是身為女兒的貝·布托，這讓米爾備受打擊。因此，在貝·布托的整個政治生涯中，米爾從不曾給過姐姐一絲一毫的關懷，反而處處與她作對。

更讓貝·布托心寒的是，她的母親努斯特拉竟然因為被女兒從人民黨領袖上的位置調離而倒戈相向，母親和弟弟結成了統一戰線，將矛頭一致對準了貝·布托。此時，陪在貝·布托身邊的只剩妹妹薩納姆了。政治再一次展現了它的無情性，血濃於水的親緣關係竟然都敵不過權力的誘惑。

1994年1月，在阿里·布托誕辰紀念日上，貝·布托與母親和弟弟終於兵戎相見。母親和弟弟的支持者與警察發生衝突，造成1人死亡，7人受傷。流血事件加重了家庭糾